유전자형에 따른 Streptococcus mutans의 subtyping: Southern blot RFLP와 AP-PCR을 이용한 비교
EVALUATING TWO METHODS FOR FINGERPRING GENOMES FOR STREPTOCOCCUS MUTANS IN CHILDREN : A COMPARISION WITH AP-PCR AND SOUTHERN BLOT RFLP
정태성, 김지현,
소속 상세정보
정태성 ( ) - 부산대학교
김지현 ( ) - 부산대학교 치과대학 소아치과학교실
KMID : 0358919980250020292
Abstract
결론
본 연구에서는 유치열기 아동의 치태내의 치아우식 원인균으로 알려진 S. mutans의 유전
자형을 분류하기 위한 arbitrarily primed PCR(AP-PCR)과 통상적인 유전학적 기법인 probe
를 이용한 Southern blot Restriction Fragment Length Potymorphi (RFLP) 방법을 이용하
여 아동의 구강내에 상주하는 S. mutans의 DNA fingerprinting pattern을 비교 관찰하여 유
전학적 분류의 적합성 및 두 방법간의 상호 관련성을 모색 하고자 본 연구를 시행한 결과
다음과 같은 결론을 얻었다.
1. 3종의 primer를 이용한 AP-PCR에서는 primer에 따라 9, 10, 12가지의 유전자형을 확
인 할 수있었다.
2. AP-PCR 결과 S. mutans의 유전자형을 개체별로 종합한 결과 최종적으로 14 가지
type으로 분류할 수 있었으며, Southern blot analysis에서는 2가지 band pattem을 보여
AP-PCR에 의한 분류법이 변별력이 높았다.
3. AP-PCR은 단독 또는 Southern blot 기법과 함께 아동의 구강내 S. mutans에 대한 유
전자형 분류에 유용한 방법임을 확인할 수 있었다.
#초록#
The arbitary primer polymerase chain reaction(AP-PCR) and Southern blot restriction
fragment length polymorphism(RFLP) were used to genotype the cariogenic pathogen S.
mutans in children. Following the morphologic chracteristrics of colony on selective
medium for S. mutans, total genomic DNA from 155 strains was extracted by
conventinal methods. Among 155 strains, 143 strains(92.3%) were confirmed S. mutans
by PCR with dexA gene and 114 strains were used in this study.
There random sequence 10-base oligonucleotide primers were chosen for AP-PCR.
The amplified DNA products were separated electrophoretically in a 2% agarose gel
containing ethidium vromide and the banding patterns were compared among different
strians. For RFLP analusis, DNA was digested with EcoRI and BamHI, separated on a
0.7% agarose gel and transferred to a nylon membrane. The membrane was probed with
a previously characterised 1.6 kilobases(kb) DNA fragment cloned from gtf B gene of S.
mutans. The probe was labeled with isotope[32P -αCTP], and hybridized
fraaments fragments were detected with intensifying screen. AP-PCR produced 4-8
DNA bands in the 0.25-10 kb regions and distinguished 9, 10 or 12 genotypes,
depending on the specific primer used. Southern bolt RFLP analysis revealed 2
hybridization patterns consistion of 1 DNA fragments 450, 500 bp. These results indicate
that AP-PCR is more discriminative method for genotyping genotyping of S. mutans.
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